Te cuento que yo estoy realizando también mis tramites de homologación del título.
Mi apostilla esta en la parte de atrás del título con un sello que se comparte entre este y el certificado que me unieron al titulo con grapas, he presentado mi titulo de esa manera y no me han dicho nada de nada respecto a eso.
Parece que hay diferencias de criterios en las distintas oficinas de atención.
He apostillado varios documentos y todos han sido de esta manera y no he tenido problemas a lo mejor podrías intentar hablar con otra persona de la parte de legalizaciones.
No se si te ayudara mucho mi comentario pero al menos para que sepas que habemos mas que nos han apostillado de esa manera.
saludos y suerte